学生が提出後に削除した場合、提出済みの扱いになりますがファイルが存在しないためファイルが取得できません。
削除したか確認する場合はログ機能を利用します。以下の手順にて、イベントメッセージが表示されているか確認してください。以下の手順で学生のログを確認することで、学生が提出データの削除をしたか確認可能です。

■手順
1.「参加者」の一覧画面で対象学生の氏名をクリックし、「プロファイル」をクリックする
2.「すべてのログ」をクリックする
3.「イベントコンテクスト」列が確認したい課題の名称のログに
　イベント名「提出削除確認が表示されました。」があるか確認する
4. 3.がある場合、3.のログの後（=3.のログの上に表示）に
　イベント名「提出ステータスが更新されました。」があるか確認する