Boxでフォルダ配下に参照させたいファイルとさせたくないファイルが混在しています。どうコラボレートしたらよいでしょうか？

参照させたくないファイルを別のフォルダに移すか、ファイル毎にコラボレートしてください。 詳細表示

Boxにて部署間で共有するフォルダを作りたいと思っているのですが、どのようなやり方が良いでしょうか？

所属組織毎フォルダとグループを活用いただくと、組織単位でのファイル共有が簡単に行えます。 所属組織毎フォルダとグループは人事情報と連携しているため、人事異動の際のアクセス権限のメンテナンスが不要となります。 所属組織毎フォルダの詳細についてはBoxの所属組織毎フォルダのご利用開始について（新機能のお知らせ） をご確認ください。 詳細表示

Boxでフォルダにコラボレートした場合、配下の全フォルダとファイルに対して同一権限が自動的に付与されますか？

はい、同一権限が自動的に付与されます。 詳細表示